Весьма быстро обнаружились научные разногласия между директором ИЯЛИ и его молодым заведующим. Дело было даже не в конкретных сюжетах, а в желании директора определять в меру своих весьма ограниченных способностей ключевые положения истории татарского народа. Поводом для сшибки стала концептуальная статья «Об этнической ситуации в Среднем Поволжье в XVI—XVII вв. (Критический обзор гипотез о «ясачных чувашах» Казанского края)», которую Исхаков опубликовал в 1988 г. в журнале «Советская этнография». В ней утверждалась мысль о существовании у татар двух страт — верхней, феодальной, собственно «татарской», т.е. золотоордынской, и крестьянской, восходящей к булгарам.
Фактически, как в более ранней статье (1980) о бесермянах, в этой публикации он предлагал новую теорию становления татарского этноса, противоречащую позициям ортодоксальных булгаристов. В ответ Закиев отправил в редакцию этого академического журнала разгромную статью, написанную в стиле колхозного партхозактива. Так как Д. Исхаков был московским выпускником, ему сообщили о поступлении такого материала, а во время очередной поездки в Москву дали и её прочесть. Хотя он был бы рад открытой полемике и возможности утвердить свои взгляды, поэтому редакционным работникам дал свой ответ: «Надо публиковать», но редакция решила отвергнуть сей опус, очевидно, из-за низкого научного уровня и замены полемики прямыми оскорблениями.
В конце концов директор ИЯЛИ издал этот материал в одном из языковедческих сборников, но краше ни в стилистическом, ни в научном отношении он не стал. К 1990 г. отношения между Д. Исхаковым и М.З. Закиевым были уже окончательно испорчены. Может быть, директор и снял бы своего оппонента с должности заведующего, но реализовать это желание тогда было уже не так просто из-за общественных процессов. Было время, когда коллектив и общественное мнение приобрели невиданную силу, окоротив самодурство директоров, правда, длилось это не так долго.
Апогея конфликт достиг весной 1993 г.
